Посмотреть список пакетов, которые были удалены, но файлы конфигураций остались, можно с помощью
$ dpkg -l | grep '^rc'
а удалить их:
$ dpkg -P имя_пакета
или для большого количества:
$ dpkg -l | awk '/^rc/{print $2}' | xargs dpkg -Pcomments powered by HyperComments